Ιδρυτής του Μυστηρίου της Εξομολόγησης ή Μετάνοιας είναι ο Κύριος ημών Ιησούς Χριστός, όταν μετά την Ανάστασή Του χορηγεί στους Μαθητές Του την εξουσία της συγχωρήσεως των αμαρτιών λέγοντας: «Λάβετε Πνεύμα Άγιον, αν τινων αφήτε τας αμαρτίας, αφίενται αυτοίς, αν τινων κρατήτε, κεκράτηνται» (Ιωαν. κ΄, 22) και «᾿Αμὴν λέγω ὑμῖν, ὅσα ἐὰν δήσητε ἐπὶ τῆς γῆς, ἔσται δεδεμένα ἐν τῷ οὐρανῷ, καὶ ὅσα ἐὰν λύσητε ἐπὶ τῆς γῆς, ἔσται λελυμένα ἐν τῷ οὐρανῷ.» Ματθ.18,18, δηλαδή: Σ’ όποιους ανθρώπους συγχωρείται εσείς τις αμαρτίες τους, θα είναι συγχωρημένες και από τον Θεό Πατέρα. Σ’ όποιους όμως τις κρατάτε άλυτες και ασυγχώρητες – διότι δεν ήρθαν να σας ζητήσουν συγχώρηση και συγνώμη – θα μείνουν αιώνια ασυγχώρητες…
Διά της αποστολικής διαδοχής, που υφίσταται στην Ορθόδοξη Εκκλησία, η χάρη αυτή μεταδόθηκε στους Επισκόπους, οι οποίοι ορίζουν, με βάση την πνευματική τους επάρκεια, και πρεσβυτέρους για να τελούν την Εξομολόγηση.
Βασική προϋπόθεση της συμμετοχής στο Μυστήριο της Εξομολόγησης είναι η ειλικρινής Μετάνοια του ανθρώπου για την ανυπακοή στο θείο θέλημα. Στη Ορθοδοξία το Μυστήριο αυτό έχει ως σκοπό την αναγωγή του ανθρώπου στην αγαπητική του σχέση με το Θεό. Όταν αμαρτάνουμε, απομακρυνόμαστε από τον Θεό. Όταν όμως μετανοούμε, ομολογούμε τις αμαρτίες μας και ζητάμε συγχώρεση, επιστρέφουμε σ’ Αυτόν. Μετάνοια σημαίνει αλλαγή του εαυτού μας, στροφή και μεταμόρφωση.
Η Εξομολόγηση που γίνεται με συντριβή και δάκρυα είναι η ανανέωση του Βαπτίσματος, γι’ αυτό και καλείται λουτρό δακρύων ή δεύτερο Βάπτισμα. Είναι η συμφωνία με τον Θεό Πατέρα δια μέσου του Πνευματικού ιερέως για μία καινούργια εν Χριστώ ζωή.
Η Εξομολόγηση πρέπει ακόμα να γίνεται με Θείο φόβο επειδή αμαρτήσαμε, επειδή λυπήσαμε τον Θεό αλλά και με ελπίδα ότι θα συγχωρηθούμε και ότι αν και ανάξιοι, θα γίνουμε και πάλι παιδιά του Θεού.
Όταν ολοκληρωθεί η Εξομολόγηση, γονατίζουμε μπροστά στον Πνευματικό, ο οποίος τοποθετεί πάνω στο κεφάλι μας το επιτραχήλιο (σύμβολο της ιερατικής λειτουργίας του) και δίνει την συγχωρητική ευχή ζητώντας από τον Θεό την άφεση των αμαρτιών μας.
Ο Πνευματικός δεν συγχωρεί τις αμαρτίες μας με τη δική του αγιότητα ή δύναμη, αλλά με την χάρη που του δόθηκε από τον Θεό. Αυτός μεσολαβεί μόνον. Τις δικές του αμαρτίες φροντίζει να τις εξομολογείται και αυτός σε κάποιον άλλον Πνευματικό.
Ο Πνευματικός έχει ιερό καθήκον να τηρεί το απόρρητο της Εξομολογήσεως, το οποίο μάλιστα αναγνωρίζεται και από το νόμο. Σε περίπτωση παράβασης αυτού του καθήκοντος ελέγχεται από τον Επίσκοπό του και από την Εκκλησιαστική Δικαιοσύνη. Τον Πνευματικό θα πρέπει να τον αντιμετωπίζουμε ως θεραπευτή και να του δείχνουμε την ανάλογη εμπιστοσύνη. Για τον λόγο αυτό, τον επιλέγουμε ελεύθερα και με δική μας ευθύνη, ώστε να είναι πρόσωπο με πίστη και αρετή και να έχει καλή μαρτυρία των πιστών. Ο Άγιος Γρηγόριος ο Θεολόγος συνιστά: “Αποκαλύψτε στον Πνευματικό Ιερέα και τα πιο απόκρυφα μέρη της ψυχής σας, τις ανησυχίες σας και τα μεγάλα μυστικά της καρδιάς σας, με τον ίδιο τρόπο που φανερώνει ο άρρωστος στον γιατρό τα κρυφά του τραύματα κι έτσι μόνο θα πάρετε την γιατρειά σας”.
Μετά την Εξομολόγηση, μερικές φορές, επιβάλλονται κάποια επιτίμια, τα οποία έχουν παιδαγωγικό χαρακτήρα. Επιβάλλονται σαν φάρμακο προς θεραπεία. Είναι η θεραπευτική αγωγή του γιατρού, για να σώσει τον άρρωστο. Επιτίμια μπορεί να είναι η αποχή από την Θεία Κοινωνία, νηστείες, γονυκλισίες, ελεημοσύνη, προσευχές, μελέτη της Αγίας Γραφής, κ.α.
Με το Μυστήριο της Μετανοίας και Εξομολογήσεως “δίδεται” συγχώρηση όλων των αμαρτημάτων. Δια της αφέσεως αυτής επανέρχεται ο εξομολογούμενος χριστιανός στην κατάσταση της εν Χριστώ ζωής. Όλες οι αμαρτίες, μικρές ή μεγάλες, θανάσιμες ή ασυγχώρητες, εξαλείφονται. Μόνον η αμετανοησία είναι ασυγχώρητη και χαρακτηρίζεται ως βλασφημία κατά του Αγίου Πνεύματος: “Πάσα αμαρτία και βλασφημία αφεθήσεται τοις ανθρώποις, η δε του Πνεύματος βλασφημία ουκ αφεθήσεται τοις ανθρώποις….ούτε εν τω νυν αιώνι ούτε εν τω μέλλοντι” (Ματθ. ιβ’, 31-32).
Στό Ιερό Ναό Αγίας Τριάδος Ελληνικού ἐξομολογεί ο π. Βάϊος Μπαλτάς κατόπιν συνεννόησης.